Manutencoop nasce a Bologna nel 1938 per iniziativa di sedici operai che si costituiscono in cooperativa per organizzare il proprio lavoro nell'ambito degli appalti delle Ferrovie dello Stato.
L'attività prosegue fino alla fine degli anni '60 quando le Ferrovie avviano una politica di riduzione delle attività esternalizzate e la cooperativa finisce per trovarsi senza commesse. I soci, tuttavia, riescono, mettendo a frutto il patrimonio di professionalità acquisito, a trasformare la situazione di difficoltà nell'avvio di una nuova fase di sviluppo imprenditoriale: con il nome Manutencoop la coooperativa diversifica le attività riuscendo ad aggiudicarsi nuovi appalti e nuovi clienti.
Gli anni '80 sono il teatro di un profondo cambiamento strutturale: in Manutencoop si fa strada un'organizzazione moderna orientata al risultato che si realizza attraverso la razionalizzazione dei servizi erogati e un nuovo posizionamento di mercato, la costituzione delle divisioni operative e l'introduzione di sistemi di controllo gestionali.
Il portafoglio clienti si arricchisce e il numero dei dipendenti comincia ad aumentare con tassi di crescita annui "a due cifre": i lavoratori da poche centinaia diventano oltre 1000 nei primi anni '90.
Lo sviluppo aziendale negli anni '90 è incessante. Manutencoop si accredita sul mercato tra le aziende leader in Italia nel settore dei servizi specialistici ed integrati.
Nel 1996 diversifica ulteriormente la propri attività entrando nel mercato della gestione del verde con l'incorporazione della cooperativa Agricoover. Nello stesso anno, con un rilevante impegno finanziario, salva dalla crisi la cooperativa modenese Aristea e interviene in soccorso della cooperativa di Castelfranco Veneto Unicooper Ambiente.
A partire dal 1999 il consolidamento patrimoniale va di pari passo con un aumento pressochè esponenziale della complessità dell'articolazione societaria grazie a diverse acquisizioni e spin off di rami d'azienda.
A Segesta e Bsm già controllate nel 1999 si sono aggiunte, nel 2000, le società Mcb e BarSA e, sempre nello stesso anno, Roma Multiservizi, società che vede Manutencoop partner industriale del Comune di Roma. Nel 2000 rileva tutte le attività della Fleur SpA prossima al fallimento: oggi, con il nome Servizi Ospedalieri la società è tra i protagonisti del mercato dei servizi specialistici di supporto all'attività sanitaria.
Tra la fine del 2003 e l'inizio del 2004 ulteriori trasformazioni marcate anche dall'introduzione di un nuovo logo: nel dicembre 2003 nasce il Gruppo Manutencoop Facility Management dal conferimento a MFM del ramo d'azienda di Manutencoop Società Cooperativa dedicato ai servizi integrati e dalle partecipazioni operanti nel medesimo settore (BSM - Building Service Management S.r.l., MCB, Gico Systems, Archimede 1 S.p.A. e altre piccole società e consorzi).
Nella nuova società, in seguito ad un aumento di capitale, fanno il loro ingresso alcuni soci finanziari (fondi di private equity e società di investimento).
All'inizio del 2005 ulteriori cambiamenti: il conferimento in Manutencoop Facility Management S.p.A. dei due rami d'impresa della Cooperativa dedicati al cleaning e alla gestione del verde insieme ai Servizi centrali e alla partecipazione in Roma Multiservizi S.p.A.
Nello stesso anno dallo spin off della Divisione Ecologia della Cooperativa nasce Manutencoop Servizi Ambientali S.p.A.
Contestualmente Manutencoop Società Cooperativa ha richiesto l'autorizzazione del Ministero del Lavoro ad esercitare l'attività prevalente di somministrazione di lavoro, ha cambiato il proprio oggetto sociale e iniziato a svolgere (dal 1 gennaio 2005) l'attività di somministrazione di lavoro.