Dal 1999 Manutencoop Società Cooperativa ha rafforzato la tendenza ad acquisire o costituire nuove società per sostenere la crescita dimensionale, la penetrazione nel territorio nazionale e l'ampliamento della gamma dei servizi prestati.
Oggi la Cooperativa controlla 2 società specializzate in altrettante aree strategiche d'affari e detiene varie partecipazioni:

Manutencoop Società Cooperativa detiene inoltre partecipazioni in ulteriori società tra le quali Archimede 1 S.p.A. che detiene il 40% di Centostazioni S.p.A. società creata per riqualificazione, valorizzazione e gestione di 103 complessi ferroviari e Holmo S.p.A., società che controlla il Gruppo Unipol.